Caleruega nace para la historia entre los años 912 y 940 de nuestra Era. En 912 se produce la gran marcha de los condes de Castilla que, arrancando de sus bases de Cerezo, Burgos-Lara y Castrojeriz, alcanzaron Osma, San Esteban de Gormaz, Roa y Aza. El conde Gonzalo Fernández, que avanzó por el centro, siguió con sus mesnadas por Covarrubias, Silos, la Cervera y Clunia. En esta localidad dividió a sus hombres quienes atravesaron el Duero por Vadocondes. Una columna giró a saliente y llegó hasta la ciudad episcopal de Osma y otra, hacia poniente, conquistó la estratégica villa de Aza. Mientras el conde Téllez ocupaba San Esteban y Nuño Núñez la celtíbera Roa. Vigiladas y armadas las orillas del río se abrió un período de paz que aprovecharon los castellanos para poner en servicio las tierras entre el Arlanza-Esgueva y Duero. Es en este momento cuando se fundan muchas de las villas existentes en este lugar y algunas que ya han desaparecido. Y es en estos años cuando nace Caleruega.
El nombre, según los filólogos, deriva del latín "cabis", cal, producto abundante en la zona. Un grupo de familias procedentes de Castilla Vieja (del norte) o de Mozarabia (sur) forman el poblado, establecen un concejo, se reparten las tierras, señalan los pastos y montes, alzan una torre de vigilancia, instalan un molino y construyen un templo. Los inicios no fueron fáciles puesto que en más de una ocasión los musulmanes arrasaron con todo destacando la destrucción del año 939, antes de la batalla de Simancas. La primera noticia de Caleruega data del año 1062. El 10 de mayo de este año aparece un acta notarial en el monasterio de San Pedro de Arlanza. En él se relata como doña María Fortúniz hace una importante donación de bienes al abad San García, situados en diversos alfoces y pueblos, entre ellos, en el alfoz de Clunia, señala a Caleruega. En el año 1094 aparece el nombre de Caleruega en el archivo del monasterio de San Salvador de Oña. La historia de Caleruega da en 1170 un giro radical hacia la fama y el protagonismo. En esta fecha nace en la localidad Santo Domingo de Guzmán. Uno de los burgaleses más célebres.
El movimiento teológico y social iniciado por Santo Domingo se hizo muy pronto presente en el pueblo. Antes de que pasara un siglo, el rey Alfonso X El Sabio había creado un señorío político y espiritual en la villa para gloria del santo. Ordenó el traslado a Caleruega de las monjas, ya dominicas, desde San Esteban de Gormaz al convento que, por encargo suyo, había construido el obispo de Osma sobre las casas solariegas de los Guzmanes. El rey acudió a Caleruega y otorgó fuero, convento, villa y términos a la priora de las dominicas. El régimen abadengo y foral beneficia y afianza a la villa. En el "Libro de las Behetrias" aparece una imagen de la prosperidad de la localidad: "Caleruega es del monasterio de Santo Domingo... al rey pagan solamente servicios y monedas. A la madre priora, como titular del señorío, la entrega el concejo por San Martín, 600 maravedises y por infurción (impuesto de solares) pagan lo siguiente: el vecino que tiene yunta de bueyes, un almud (16 celemines) de pan mediado y 16 dineros; el que solo tiene un buey paga la mitad y quien no tiene ganado mayor solo cuatro dineros. Las mujeres pobres entregan dos dineros. Por el yantar del monasterio abona el concejo 30 mareavedises anuales". Estas cantidades pagadas por Caleruega son altas para el nivel de entonces lo que indica que la localidad tenía más población. El señorío de las monjas sobre Caleruega dura hasta los cambios del siglo XIX. De esta época quedan dos testimonios heráldicos:la torre de los Guzmanes y la picota de justicia. Concejo y convento vivieron siglos de armonía beneficiándose los vecinos de las exenciones forales (montazgo, portazgo, etc.). Caleruega no depende de otras administraciones y así aparece en solitario en el censo de 1591, año en que cuenta 90 vecinos, más de 400 habitantes.
La población se ve reducida en el siglo XIX, ya que en 1843 asciende a 176 habitantes. A la escuela acuden 50 chicos y chicas que pagan al maestro media fanega los chicos y cuatro celemines las chicas. La vida por aquellos años es agrícola y se tejen el lino y el cáñamo. Al comenzar el siglo XX los habitantes son 630 y en 1950 ya llegan a los 861. A mediados del siglo, hacia 1950, la Orden de los Dominicos favorece a Caleruega como lugar santo de la orden valorando el ambiente de silencio y de cristiandad de la tierra. Hombres beneméritos, como los padres Carro y Suárez, trabajaron incansables hasta inaugurar un Centro de estudios y de espiritualidad para los varones de la Orden y restauraron la torre, iglesia, pozo y claustros. Hoy Caleruega es una referencia importante en los ámbitos teologales e incluso turísticos gracias a Santo Domingo.